Nach der Legende entstand Vodnjan-Dignano aus einem Zusammenschuss von sieben Villen, die einen Teil des kolonialen Besitztums von Pula-Pola darstellten. Um den ständigen Streiten zwischen dem Patriarch von Aquileia und Venedig zu widerstehen, wurde aus diesen sieben Villen (Vodnjan-Dignano, Mednjan, Guran, Sveti Kirin, Mandriol, Sveti Mihovil od Banjola und Sveti Lovro) ein Ort: heutiger Vodnjan-Dignano.

Sein breiteres Gebiet mit unzähligen charakteristischen Kažuni (Steinhäuschen), die in der Technik des Trockenmauerbaus gebaut wurden, um das Eigentum zu trennen, zeugen von tausendjähriger landwirtschaftlichen Vergangenheit seiner Bewohner, die sich vor allem mit dem Oliven- und Weinanbau als der Grundlage eigenen materiellen Wohlstandes beschäftigt haben.
Die alten Römer haben, nachdem sie Histri, die Urbewohner in diesem Gebiet, besiegt haben (II. Jh. v.Ch.).
Im II Jh.v.Ch. bekam das Gebiet Vodnjan-Dignano Attinivs zum Behüten. Vodnjan-Dignano war in der Zeit auch als VICUS ATTINIANUM bekannt, woher wahrscheinlich der Name ADIGNANI, DIGNANO stammt. Für die slawische Transkription hat sich die kroatische Bevölkerung bemüht, da sie mit den mit ihren eigenen Produkten vollen Körben zum Markt nach Dinjane, nach Vodnjane u später nach Vodnjan-Dignano eilten.

Vodnjan-Dignano wurde schon in historischen Quellen im Jahr 932., erwähnt.
Die erste schriftliche Spur von Vodnjan-Dignano stammt aus dem Jahr 1194, wo in einem Urteil Poponis de Adignanis erwähnt wurde.

Nach dem Untergang des Römischen Reiches wurde das Leben auch unter Ostrogoten (Barbaren) und der Byzanz fortgesetzt. Die erste Zerstörung erlitt Vodnjan-Dignano 751 durch den Angriff von Longobarden und Awaren, und mit der Ankunft von Karlo dem Großen begann dort die Periode des Feudalismus.
In der Bestrebung wenigstens begrenzte Autonomie zu erreichen, haben die Bewohner von Vodnjan-Dignano beschlossen, dass es besser wäre, sich Venedig unterzuwerfen, unter deren Herrschaft sie bis zum Verfall der Republik Venedig (1797.) geblieben sind.
Nach dem Erreichen der Wichtigkeit trennt sich 1330 Vodnjan-Dignano von Pula-Pola und erhält seinen eigenen venezianischen Verwalter.
Aus der Zeit und dem kulturellen Milieu (13. Jh.) stammt auch das Statut von Vodnjan-Dignano, womit das private und das öffentliche Recht geregelt wurden, dass seine Bestimmungen mehr als vier Jahrhunderte bis zur k.u.k.

Nach dem Verfall von Venedig wurde Vodnjan-Dignano in der Zeit der österreichischen Regierung wieder Pula-Pola einverleibt. Von 1805-1813 war die Transitperiode der Regierung von Napoleon und von 1814-1918 ist Vodnjan-Dignano wieder unter der österreichischen Herrschaft und wegen seiner strategischen geografische Lage und als wichtiger Verkehrsknotenpunkt gewinnt an Wichtigkeit.
Mit dem Ersten und Zweiten Weltkrieg kommt es zu großen Änderungen und erst 1933 erlangt Vodnjan-Dignano wieder den Status der Gemeinde, die heute Galižana, Peroj, Barbariga und Gajana umfasst.
Die Stadt hat im inneren historischen Kern ihr spezifisches mittelalterliches Aussehen mit Passagen und schmalen Gassen, die sich unregelmäßig zwischen den Häusern schlingen, mit Pflastersteinen und Fassaden aus bearbeitetem Stein, mit alten Gassen, die immer noch die starke Anwesenheit der geprägten gotisch-venezianischen Zeit, des Renessaince- und Barockstils spüren lassen und mit zahlreichen mit Erinnerungen und Kunstwerken angereicherten Kirchen.