In Nezakcij ist, neben prähistorischen und römischen Überresten, auch ein frühchristlicher Komplex mit Doppelbasiliken aus dem 5. Jahrhundert erhalten geblieben, der sich im nordwestlichen Teil der Siedlung befindet. Da es sich hier um die letzte Schicht in Nezakcij handelt, ist sie gut erhalten und konserviert, und bis heute kann man eine Doppelbasilika sehen. Der Haupteingang zum Komplex war vom Forum aus, und man betrat den Narthex (Vorhalle), einen langen Gang, der sie beide verband und durch den man in die beiden Kirchen aber auch in die Nebenräume gelangte. Die Doppelbasiliken waren von verschiedenen Größen, aber beide hatten eingezogene Apsiden.

Die nördliche Basilika war kleiner und älter, die äußeren Einfassungen waren mit Pilastern verstärkt, und mit flachen Lisenen geschmückt, die nicht nur die Längswände sondern auch das Eingangstor umrahmten. Neben der Apsis befand sich der Priesterstuhl, während man im Heiligtum Reste eines erhöhten Podiums, ein Fußbodenmosaik und einen leeren Reliquienbehälter fand. An der Nordwand des Hauptraumes entlang befanden sich drei Räume, einer für die Taufvorbereitung, ferner das Baptisterium und das Konfirmatorium. Das Baptisterium ist viereckig, und mit den beiden anderen Räumen verbunden, aber nicht mit der Kirche. An der Südwand waren auch drei Räume, zwei für die Grabkapelle, und der dritte ein Sakristeiraum.

Auch die südliche, größere Basilika hatte, wie die nördliche, einen Priesterstuhl in der Apsis, doch die Apsis war zum Süden verschoben, so dass der Haupteingang und die Apsis nicht mehr in der gleichen Achse lagen. Die Wände waren von Lisenen und Pilastern zergliedert, mit dem Eingang an der Westseite, während die Nordwand durch eine Reihe von Behelfsräumen geschlossen war . Es scheint, dass die Basilika dreischiffig war, oder sie wurde auf diese Weise umgebaut.

Man nimmt an, dass die größere Kirche der hl. Maria geweiht war und für tägliche Gottesdienste benutzt wurde, während sich in der kleineren Kirche der Klerus versammelte, und Gläubige in ihr getauft wurden; sie war hl. Thomas Apostel geweiht. Die Doppelbasiliken weisen Spuren von willkürlicher Zerstörung und Brandlegung auf, die im 7. Jahrhundert stattfanden, weil man keine Spuren der Flechtbandornamentik fand, die für einen späteren Zeitraum charakteristisch gewesen wäre.