Prema legendi, Vodnjan-Dignano je nastao iz udruge sedam vila koje su bile dio kolonijalnog dobra Pule. Kako bi se mogao oduprijeti od neprestanih prepiranja između akvilejskog patrijarha i Venecije, sedam vila okolice (Vodnjan-Dignano, Mednjan, Guran, Sveti Kirin, Mandriol, Sveti Mihovil od Banjola i Sveti Lovro) udružuju se u jedno mjesto: današnji Vodnjan-Dignano.

Njegovo široko područje s bezbrojnim karakterističnim kažunima, izgrađenim u tehnici suhozidina, koji su označavali vlasništvo, svjedok je milenija u kojem su se stanovnici bavili poljoprivredom, posebice maslinarstvom i vinogradarstvom.

Nakon što su porazili starosjedioce Histre u II. st. prije Krista, Stari Rimljani se stalno naseljuju u ovim krajevima.
U II st. prije Krista, područje Vodnjana-Dignano je poznato kao VICUS ATTINIANUM, od čega vjerojatno nastaje ime ADIGNANI, DIGNANO. Za slavensku transkripciju potrudio se hrvatski seoski živalj iz okolice koji je noseći pune košare vlastitih proizvoda hitao na tržnicu... va Dinjane, va Vodnjane, kasnije u Vodnjan-Dignano.

Vodnjan-Dignano se navodi u povijesnim zapisima iz 932., a prvi pisani trag Vodnjana-Dignano je iz 1194. u jednoj presudi gdje se spominje Poponis de Adignanis.

Nakon raspada zapadnog Rimskog Carstva život se u Vodnjanu-Dignano nastavio i pod Ostrogotima (Barbarima) i pod Bizantom. Prvo razaranje pogodilo je Vodnjan-Dignano 751., napadom Longobarda i Avara, a dolaskom Karla Velikog zahvatilo ga je razdoblje feudalizma.

U težnji da se domognu barem ograničene autonomije, Vodnjanci su odlučili da im je probitačnije pokoriti se Mlecima, pod čijom su vlašću ostali sve do pada Presvijetle Republike (1797.).
Postigavši znatnu važnost, 1330. Vodnjan-Dignano se odvaja od Pule i dobiva svojeg mletačkog upravitelja.
Iz tog vremena i kulturnog ozračja (XIII st.) nastao je i vodnjanski Statut kojim se regulira privatno i javno pravo. Njegove su odredbe ostale na snazi više od četiri stoljeća, sve do dolaska Austrije.

Padom Venecije, za vrijeme austrijske vladavine, Vodnjan-Dignano biva ponovno pripojen Puli. Od 1805.-1813. u Istri nastupa tranzitno razdoblje vlasti Napoleona, a od 1814.-1918. Vodnjan-Dignano ponovo pada pod austrijsku vlast i zbog svog strateškog geografskog položaja, kao važno prometno čvorište dobiva na važnosti.

S prvim i drugim svjetskim ratom dolazi do velikih promjena i tek 1993. Vodnjan-Dignano ponovo dobiva status Općine, koja danas obuhvaća Galižanu, Peroj, Barbarigu i Gajanu.

Grad je u povijesnoj jezgri sačuvao svoj srednjovjekovni izgled s vežama i uskim uličicama koje nepravilno vijugaju među kućama, s kaldrmama i pročeljima od obrađenog kamena, starim ulicama s još uvijek raspoznatljivim gotičko-venecijanskim, renesansnim i baroknim stilom, te brojnim crkvama.