A Nesazio, ad eccezione di resti preistorici e romani, è stato conservato il complesso cristiano con basiliche doppie risalenti al V secolo, situato nella parte nord-orientale dell'insediamento. Dal momento che questo è l'ultimo strato di Nesazio, è ben conservato e le basiliche doppie sono visibili anchor oggi. L'entrata principale al complesso era il Foro, e si entrava nel nartece, un lungo corridoio che collegava e che portava ad entrambe le chiese nonché agli impianti ausiliari. Le basiliche doppie sono di dimensioni diverse ed entrambe avevano delle absidi con iscrizioni.

La basilica a nord era più piccola e più antica, i bordi esterni erano stati rinforzati da pilastri e decorati con sporgenze poco profonde che, in aggiunta, oltre alle pareti longitudinali, incorniciavano la porta d'ingresso. Vicino all'abside si trovava il banco dei sacerdoti, mentre nel santuario sono stati trovati resti di un piano rialzato, il pavimento a mosaico e una scatola vuota per reliquie. Lungo la parete nord della stanza principale si trovavano tre stanze che venivano utilizzate come catecumeneo (per la preparazione del battesimo), il battistero e uno spazio per il sacramento della cresima. Il battistero è rettangolare ed è collegato ad entrambe le stanze laterali, ma non alla chiesa. Lungo la parete sud ci sono anche tre sale, due appartengono alle cappelle tombali, e la terza è il diaconico - un luogo per lo stoccaggio degli oggetti della chiesa.

Come la chiesa settentrionale anche quella a sud, la più grande, aveva il banco sacerdotale nell'abside, ma l'abside è stata spostata a sud e l'ingresso principale e l'abside non sono più allineati sullo stesso asse. Le sue pareti erano divise da lesene e pilastri, con ingresso sul lato ovest, mentre la parete nord è stata chiusa con una serie di spazi aggiuntivi. Sembra che la basilica fosse a tre navate o è stata ricostruita in questo modo.

Si presume che la chiesa più grande sia stata dedicata a S. Maria e veniva usata per i riti quotidiani, mentre la chiesa piccola serviva come luogo di incontro del clero e per la cristianizzazione dei fedeli, e fu dedicata a S. Tommaso Apostolo. Le basiliche doppie presentano tracce di distruzione violenta e incendi. Risalgono agli inizi del VII secolo, dal momento che non esiste nessuna traccia di ornamenti caratteristici dei periodi precedenti.